Прообразом Желтой Подводной Лодки в мультфильме послужила настоящая исследовательская лодка (батискаф), которая кроме прочего участвовала в поисках ихтиозавра Нэсси на озере Лох-Несс. Именно по этой причине лодка в мультике имеет довольно непривычную архитектуру и не похожа на привычные нам подводные лодки.

На площади перед главным терминалом Ливерпульского аэропорта имени Джона Леннона установлена 25-тонная копия знаменитой «Жёлтой субмарины».

Летом 1967 года режиссёр Джордж Даннинг (1920-1979) привёз в Лондон немецкого актёра Хайнца Эдельманна (1934-2009), чтобы тот стал продюсером этого фильма. Сценарий готов не был, так что определённого и чёткого задания Эдельманну не дали. Через пару месяцев этого «простоя» он решил, что с него хватит, и чтобы дать волю злости, начал рисовать злодейских персонажей, которые Даннингу очень понравились. С этого момента движущей силой всего проекта стал именно Эдельманн. Он нарисовал практически всех персонажей и придумал сюжетную линию. Именно Эдельманн придумал стиль «визуальной перегрузки» (это его собственный термин), который применял, чтобы прикрывать сюжетные дыры и поддерживать внимание зрителей на должном уровне. Многие зрители впоследствии решили, что Эдельманн употреблял галлюциногены, но сам он это предположение всегда отвергал.

На работу над фильмом режиссёру Джорджу Даннингу дали только 11 месяцев. В те времена на создание типичного мультфильма студии Disney уходило 4 года. Даннингу пришлось увеличить количество работников студии в 4 раза и отбиваться от меценатов, которым страшно хотелось изменить ливерпульский акцент актёров. Сами участники The Beatles не имели практически никакого отношения к проекту. Говорили за героев мультфильма нанятые актёры озвучивания. Фильм оказался хитом. Даннингу он завоевал престиж и премию Национального общества кинокритиков США. Даже сами участники The Beatles были поражены настолько, что согласились сыграть в снятом по-быстрому эпилоге. Сам Даннинг остался в финансовом проигрыше. Он изначально согласился снять фильм за фиксированное вознаграждение, а его потратил, когда работа над фильмом вышла за рамки бюджета. Так что огромные прибыли, который фильм заработал, прошли мимо Даннинга. Больше он не снял ни одного полнометражного фильма.

В последние недели работы над фильмом актёра озвучивания Питера Бэттена арестовали за дезертирство. Дальше Джорджа Харрисона (1943-2001) озвучивал уже Пол Анджелис (1943-2009). Актёра озвучивания Дика Эмери (1915-1983) тоже арестовывали в годы II Мировой войны за уход из Королевских ВВС в самоволку. Он появился на сцене, и его узнали двое сидевших среди публики военных полицейских.