Для достоверности фильм снимался при помощи портативных камер, а не при помощи дорогого цифрового оборудования.

В некоторых сценах засветились настоящие военные авиадиспетчеры США. В свою очередь, в сценах, в которых идет речь о гражданской авиации, снялись диспетчеры Федеральной Авиационной Администрации (FAA).

Во время съемок, актеры, играющие террористов, и актеры, исполняющие роли пассажиров рейса, проживали в разных отелях. Более того, они даже питались в раздельных местах и поддерживали форму в разных фитнес—центрах. Таким образом, режиссер сеял недоверие, страх и презрение между «охотниками» и «жертвами».

Продюсеры фильма пожертвовали определенный процент денег, заработанных картиной в ее стартовый уик-энд, в мемориал погибших, который находится рядом с Шенксвилем, Штат Пенсильвания. Сумма пожертвований составила 1.15 миллиона долларов.

По просьбе создателей ленты, американские кинотеатры отказались от демонстрации рекламных роликов и трейлеров перед показом «Потерянного рейса».

Исполнитель главаря группы террористов Луис Алсамари родился в Ираке, но проживает в Лондоне. Когда он хотел посетить премьерный показ фильма в Нью-Йорке, иммиграционные службы США отказали Луису в визе, даже несмотря на то, что ему было предоставлено убежище в Британии с начала 90-х. Отказ иммиграционные службы объяснили тем, что Луис некогда был членом иракской армии.

В фильме экипаж рейса «United 93» изображен при помощи настоящих бортпроводников и пилотов. А некоторые из них и вовсе работают в United Airlines.

«Потерянный рейс» — первый голливудский художественный фильм, воссоздающий события 11 сентября 2001 года.

Съёмки фильма происходили в салоне самолёта Boeing 757, списанного 20 лет назад и находящегося в окрестностях Лондона. По словам сопродюсера фильма Тима Бевана, место съёмок было выбрано по двум причинам: для снижения затрат и для исключения конфликтов между актёрами и неизбежным особым интересом и давлением публики, если бы съёмки происходили в США, стране, недавно пережившей трагедию.

Рабочее названия фильма — «Flight 93» — было изменено на «United 93», так как в конце января в телесети «A&E» состоялась премьера телефильма с таким же названием.

Первоначальные финальные титры картины — «Началась война Америки с терроризмом» — позднее были заменены более толерантными: «Посвящается памяти тех, кто погиб 11 сентября 2001 года».

С началом показа анонсов фильма в кинотеатрах США киностудия была завалена возмущёнными звонками зрителей, требовавших прекращения показа анонсов. Люди мотивировали это тем, что ещё не затянулись раны от трагедии. Один из крупнейших кинотеатров Манхеттена прекратил показ. Кроме того, с официального сайта фильма была прекращена возможность скачивать трейлер.

Семьи 40 погибших пассажиров этого рейса сотрудничали с режиссером Полом Гринграссом в создании этой картины, помогая воспроизвести такие детали, как одежду своих родных, книги или музыку, которую те могли бы слушать, ту пищу, которую они могли бы заказать на борту.