Перед премьерным показом «Бивис и Баттхед уделывают Америку» на MTV (7 августа 1999 года) из фильма была вырезана одна сцена. Во время экскурсии по Национальному архиву США Бивис пошёл в туалет. Не обнаружив туалетной бумаги, герой отправился в выставочный зал, где наткнулся на витрину с декларацией независимости США. В то время как охранник заснул, Бивис взял флаг США и разбил им стекло, защищавшее исторический документ. В зале сработала сигнализация, и работники службы безопасности бросились на поиски злоумышленника. Однако Бивису удалось остаться незамеченным и добраться до туалета, где он справил свою нужду и «подтёрся» декларацией независимости США.

Две коротких сцены пришлось перемонтировать, иначе фильм лишили бы рейтинга PG-13 (просмотр детьми до 13 лет нежелателен). В сцене, в которой директора МакВикера шлёпают в номере мотеля, он изначально был ниже пояса полностью раздетым, и аниматоры пририсовали ему трусы. Другой момент из фильма вырезали вообще – по пути в аэропорт Мади предлагает Бивису и Батт-Хеду по глоточку виски. В Американской киноассоциации решили, что из-за этого коротенького эпизода фильму можно присвоить рейтинг R (лица, не достигшие 17-летнего возраста, допускаются на просмотр только в сопровождении одного из родителей или законного представителя). Поэтому сцену прервали на том кадре, в котором Мади передаёт им бутылку.

В сцене галлюцинаций в пустыне Бивиса и Батт-Хеда в отдалении слышатся голоса. Если саундтрек прокрутить задом наперёд, становится понятно, что это говорят сами герои, а фразы, которые они произносят, включают в себя следующую: «Все отправляются в колледж и усердно учатся, усердно учатся».

Американская кинопродюсерская компания Geffen Pictures, которую основал Дэвид Геффен, выкупила права на экранизацию в 1993 году в надежде снять игровой полнометражный фильм с Дэвидом Спейдом и Адамом Сэндлером в ролях, соответственно, Бивиса и Батт-Хеда. Режиссёр, актёр озвучивания и автор сценария Майк Джадж эту идею жёстко раскритиковал. Он заявил, что съёмки игрового фильма про Бивиса и Батт-Хеда есть не что иное, как кощунство, да и обойдётся не в пример дороже, чем анимация. Утверждается, что фильм создали в том виде, в котором его увидели зрители, в результате подброшенной монетки.

Роберт Стэк испытывал такую сильную неловкость из-за участия в этом проекте, что приплатил адвокатам за то, чтобы нигде в рекламных материалах его имя не фигурировало. Со временем, правда, он изменил отношение к своей роли.

По словам Майка Джада, к началу работы над этим проектом он был так вымотан съёмками телевизионного сериала, что ему хотелось всё бросить. Увы, в его контракте с MTV говорилось о восьми сезонах. Для того чтобы поскорее со всем этим покончить, он решил снять полный метр в надежде, что ему позволят не снимать последний сезон сериала по контракту. MTV его отпустил после седьмого сезона, который вышел на экраны через год после премьеры фильма.