Перед съемками всему актерскому составу пришлось пройти курс квалифицированных ныряльщиков.

Перед началом съемок режиссер Джеймс Кэмерон связался с Орсоном Скоттом Кардом, чтобы обсудить возможность создания книги, основанной на будущем фильме. Первоначально Кард ответил, что не занимается «новеллизациями», но после того, как агент сообщила ему, что режиссером фильма будет Джеймс Кэмерон, он согласился подумать. Вышел сценарий, и Кард, получив от Кэмерона заверения в своем праве развивать идейную линию романа по своему усмотрению, взялся за работу. Встретившись с Кэмероном, Кард в скором времени написал три первые главы романа, повествующие о жизни Бада и Линдси Бригман до событий, показанных в фильме. Кэмерон отдал эти главы Эду Харрису и Мэри Элизабет Мастрантонио, что помогло им в полной мере раскрыть своих персонажей.

Чтобы показать лица актеров, были разработаны специальные маски. Они имели микрофоны, встроенные таким образом, чтобы проговариваемые актерами реплики можно было включить в фильм. Шумы, создаваемые регуляторами в шлемах, были стерты во время последующей звуковой обработки.

Большая часть съемок под водой проходила в наполовину построенной установке атомного реактора в городе Гафни, штат Южная Каролина. Она представляла из себя самую большую в мире подводную съемочную площадку, вмещающую 7 млн. галлонов воды.

Резервуар был заполнен водой на 12 метров, но и при этом внутрь попадало слишком много света с поверхности. Чтобы закрыть ему доступ, водную гладь устлали огромным куском непромокаемого брезента и миллиардами крошечных черных пластмассовых шариков. Однако во время сильного шторма брезент был уничтожен, поэтому съемки перенеслись на ночное время.

Дыхание жидкостью в действительности существует. В пяти различных дублях было задействовано пять крыс, все из которых остались живы и были привиты ветеринаром. Крыса, которая на самом деле появляется в фильме, умерла естественной смертью за несколько недель до премьеры. По словам Джеймса Кэмерона, сцена с крысой была вырезана из британской версии фильма, поскольку Королевская Ветеринарная Служба сочла этот эпизод болезненным для животного. Сам Джеймс Кэмерон неоднократно заверял, что крысам, использованным в этих дублях, не был причинен какой-либо вред.

Майк Кэмерон, брат Джеймса Кэмерона, сыграл мертвого члена экипажа с потопленной субмарины. Чтобы выполнить эту задачу, ему пришлось задержать дыхание на глубине 4,5 метров и позволить выползти из своего рта крабу.

Во время изматывающих и проблематичных съемок, команда актеров и съемочная группа начали давать фильму разные оскорбительные названия, вроде «Уроженец Бездны», «Брань» и «Жизнь — это Бездна, в которую погружаешься с головой».

Говорят, что Мэри Элизабет Мастрантонио страдала физическим и эмоциональным расстройством из-за сильного давления, которое она испытывала на съемочной площадке, а Эду Харрису однажды пришлось по пути домой съехать на обочину из-за приступа непроизвольного плача.

При передаче телевизионного сообщения о столкновении русского и американских кораблей в действительности на экране видны корабли британского ударного соединения во время операции близ Фолклендских островов.

Компания, упоминаемая в фильме, носит название «Benthic Petroleum». На языке океанографии слово «benthic» означает «придонный».

Чтобы нагреть воду в резервуаре недостроенной атомной электростанции, Джеймс Кэмерон задействовал несколько автоцистерн с природным газом, присоединенных прямо к газовым горелкам.

Поскольку модель корабля «Benthic Explorer» была очень велика и использовалась для съемок в открытом море, производственную компанию обязали зарегистрировать ее в отделе Береговой охраны.

Вода в обоих резервуарах была сильно хлорированной, дабы препятствовать возникновению микробов. Это привело к тому, что волосы многих актеров приобрели серый или даже белый оттенок.

Роль коммодора Де Марко первоначально предназначалась для Лэнса Хенриксена, однако тот не смог сыграть в фильме из-за противоречий в рабочем графике.

Американское общество гуманистов расценило фильм неприемлемым из-за появления в одной сцене крысы, погруженной в насыщенную кислородом жидкость. И это не было простым привлечением внимания. Крысу на самом деле ввели в состояние страха, погрузив в эту жидкость, что заставило ее паниковать и сопротивляться, после чего ее вытянули за хвост, дав жидкости истечь из легких.

Мини-подлодки в крупных кадрах — всего навсего модели, подвешенные на проводах в дымном помещении и снятые при замедленном движении.

По финансовым причинам декорации буровой вышки «Deepcore» не стали разбирать после съемок. Они находятся в заброшенном (и осушенном) сооружении атомной электростанции в штате Южная Каролина, где снимался фильм. Компания «20 Век Фокс» обклеила декорации знаками, предупреждающими потенциальных фотографов о своем праве собственности на макет (и эскизы) буровой и о запрещении законом об авторском праве любой фото- или видеосъемки в ее окрестностях. Официальная информация об этом указана на самом корпусе буровой вышки.

Подводные съёмки производились на недостроенной атомной электростанции Чероки, располагающейся возле городка Гэффни (англ. Gaffney), штат Южная Каролина, США.

Из-за достаточной глубины и времени, проводимого под водой, состав исполнителей и съёмочная бригада должны были проходить декомпрессию.

Съёмки фильма, также, проходили в самом большом подземном озере в мире — пещера в Бонн-Терр, штат Миссури, которая использовалась как фон в некоторых сценах.

Сюжетный ход фильма — атака ядерной боеголовки группой ксенофобов, и срыв этой атаки группой сторонников контакта напоминает аналогичный ход романа «Свидание с Рамой» 1973 года.

Существует расширенная версия фильма длительностью 171 минута.

Каскадеры принимали участие в очень немногих сценах. Когда Бад втаскивает Линдси на платформу буровой вышки, Мэри Элизабет Мастрантонио сама задерживает дыхание. Когда буровую затапливает и персонажи спасаются бегством от воды, утопая перед закрытыми дверями и уклоняясь от разрушающихся фрагментов буровой — все это выполняли не каскадеры, а актеры.

Эпизод с водяным щупальцем, перемещающемся по спусковой шахте, был описан в сценарии таким образом, что мог быть удален без ущерба для сюжета, к тому же никто не знал, как это будет выглядеть. Актеры взаимодействовали с отрезком шланга от обогревателя, который поддерживали члены команды.

Заключительная сцена, когда на поверхность океана всплывает инопланетный корабль, предполагала, что это будет весной или летом. Но так как фильм снимался в преддверии зимы, каждому актеру пришлось положить в рот несколько кубиков льда, чтобы не создавать пар при выдохе.

Эпизод, в котором Зубатка при отступлении лейтенанта Кофи стреляет из автомата по спусковой шахте, был снят с использованием боевых патронов. В связи с этим, подводную автоматическую камеру изолировали и предприняли повышенные меры безопасности.

В эпизоде, когда к Баду подплывает водяное щупальце, то из его рта и носа выходят пузырьки, чего не должно быть при таком типе дыхания.