Рил Мэйер очень похожа на солистку группы Evanescence — Эми Ли. В одном из интервью художник, который создал образ Рил сказал, что при её создании вдохновлялся именно Эми.

В десятой серии показывают кладбище. На надгробной плите указан Даи Сато — сценарист данного анимационного фильма.

Имя авторейва Пино недвусмысленно намекает на Пиноккио — деревянную игрушку, обретшую душу.

Сверчок из Смайл-ленда (авторейв-наблюдатель) похож на аналогичного персонажа из «Приключений Пиноккио».

События разворачиваются в городе Ромдо, а в Испании существует город Ронда, который находится на высоте около 1000 метров и стоит по берегам ущелья 100-метровой глубины.

По мотивам сериала вышла двухтомная манга Ergo Proxy: Centzon Hitchers and Undertaker.

Авторейвы используют программу Тьюринга, позволяющую им разговаривать неотличимо от человека. Это отсылка к реально созданному тесту Тьюринга, позволяющему определить, обладает ли компьютер разумом.

Название третьего эпизода сериала, «Прыжок в ничто», взято из одноименного романа Александра Беляева.

«Ergo Proxy» можно перевести с латыни как «следовательно, представитель». Японская же версия перевода звучит как «представитель смерти».

В девятнадцатой серии, где Пино попадает в Смайл-ленд можно заметить, что Уил Б. Гуд (прокси данного купола) очень похож на Уолта Диснея.

Имя Дедала Юмэно, а также тот факт, что Монада Прокси полетела к Солнцу и погибла, намекает на историю с Икаром.

В сериале имеется несколько отсылок к сказке Льюиса Кэрролла «Алиса в стране чудес»:

• Корабль на котором летели Винсент, Рил и Пино назывался «Кролик», на котором фактически они открыли для себя новый мир, в данном случае Пустошь и остальные Купола.
• Также, в начале восьмой серии можно увидеть собственно книгу «Алиса в стране чудес» (это ясно из рисунков в ней), после чего Пино в разговорах упоминает карточных рыцарей. Эту книгу Пино читает и позже, в 13 серии.

Идентификационный номер Рил Мэйер — «re-l124C41+». При чтении звучит как «Real one to foresee for (another) one». Эта игра слов может переводится как «Та, кто действительно предвидит появление другого (прокси)», «Некто истинный, кто предвидит появление ещё одного». Именно Рил Мэйер удается обнаружить Прокси Первого, который скрывался, пользуясь амнезией Винсента. Этот номер, вероятно, также является отсылкой к фантастическому роману Хьюго Гернсбека «Ralph 124C 41+».

Название вируса Когито, поражающего авторейвов, — отсылка к декартовскому «cogito ergo sum», в переводе с латыни означающему «мыслю, следовательно существую».