Фильм снят по мотивам романа Роберта Ладлэма «Превосходство Борна» (The Bourne Supremacy, 1986).

Брайан Хелгеленд доводил сценарий до ума, однако его имя не упоминается в титрах.

Для того чтобы достичь эффекта документального кино, подавляющая часть фильма была снята ручными камерами. Режиссер также постарался избежать использования компьютерной графики. Поэтому практически все трюки в фильме выполнялись вживую, без применения спецэффектов.

Различные приспособления, которые использует Борн на протяжении фильма, существуют на самом деле, и большинство из них можно купить в обычных магазинах.

Шариковая ручка Борна – Rotring 600.

Музыка, которую можно услышать в холле отеля «Hotel Brecker», — четвертая баллада Фредерика Шопена.

При съёмках сцены допроса в консульстве Мэтт Дэймон случайно послал в нокаут Тима Гриффина, сыгравшего Джона Невинса.

По большому счету фильм снимался в обратном порядке. Это означает, что съёмки в Москве прошли первыми, а в последнюю очередь снимали сцены на Гоа.

По словам сценариста фильма Тони Гилроя, он постарался сделать не адаптацию книги для киноэкрана, а её переосмысление.

В доме в Мюнхене Джейсон Борн использует в качестве оружия свернутый журнал. Тактика его боя происходит из вида филиппинских единоборств – Эскрима. Данный стиль предполагает активное использование предметов из повседневного обихода, включая шариковые ручки (как это показано в фильме «Идентификация Борна» (2002)) и свернутые в трубочку газеты.

Пистолет Кирилла — Walther P99.

По первоначальной версии сценария, Борн должен был провести значительное время в индийской тюрьме.

Сцена погони по московским улицам получила в 2005 году мировую премию в области трюков Таурус (англ. Taurus World Stunt Awards) в номинации «лучшая машина» (англ. Best Vehicle). Руководил постановкой этой автомобильной погони российский каскадер Виктор Иванов.

Когда Борн звонит Памеле Ленди в Берлине, слышен голос, говорящий «Мне нужно 90 секунд, чтобы определить его положение». Борн прервал диалог спустя 88 секунд.

Снимок Ники (Джулия Стайлз) — реальное промо-фото актрисы к фильму «10 причин моей ненависти» (1999).

Пистолет, которым пользуется Борн в Москве, — SIG-Sauer P225.

Изначально фильм должен был закончиться сценой, в которой Борн рассказывает дочери Нески о смерти её родителей. Однако на тест-просмотрах зрители посчитали такую концовку незаконченной и слишком размытой. Поэтому для фильма были сняты дополнительные сцены, где Борн разговаривает по телефону с Лэнди, и она говорит ему его настоящее имя. Дополнительные съёмки завершились всего за несколько недель до премьеры фильма.

Количество трупов: 9.

Во время московской погони Мэтт Дэймон действительно сидит в водительском кресле желтой Волги, но в самых опасных и сложных сценах ею на самом деле управляет профессиональный гонщик-каскадер, сидя на крыше такси. Органы управления одной из автомашин (всего для съемок погони было задействовано около 10 Волг-такси) были выведены наружу так, что, глядя из салона, этого не было видно.

При задержании киллер показывает милиции белую карточку, удостоверяющую его как сотрудника ФСБ, — ни на удостоверение сотрудника ФСБ, ни на спецталон, ни на разрешение на ношение оружия эта штука не похожа.

В Москве раненый Борн заходит в какую-то большую палатку, названную супермаркетом, а выходит из старого многоэтажного здания.

В сцене с секретными документами, доказывающими хищение 20 млн. долларов в 1990-х годах и раскрывающими шпиона, показан «Журнал боевых действий 5 Ударной Армии» за апрель 1945 года.

По приезде в Москву из Берлина Джейсон Борн берёт такси, и мы видим, как он отъезжает от Киевского вокзала. На самом деле все поезда Берлин — Москва прибывают на Белорусский вокзал.

В сцене погони в Москве Борн заезжает в тоннель. После очередного столкновения видно, что на «Гелендвагене» оторвало с одной стороны и загнуло передний номерной знак, спустя пару кадров несколько раз мы видим, что номер на месте и не загнут.