Эйнар Вегенер/Лили Эльбе не был самым первым, кто подвергся операции по коррекции пола. До приезда Лили в Берлин такая операция была проделана с Карлой фон Крист, Тони Эбелем и Дорхен Риткер. В столице Германии тогда существовал Институт сексуальных наук (аналог американского Института имени Кинси по изучению секса, гендера и репродукции). Он был основан Магнусом Хиршфельдом в 1919 году. В берлинском институте проводили операции по коррекции пола, но в 1933 нацисты, придя к власти, уничтожили все архивы, так что определить имя первого человека, решившегося изменить пол, более не представляется возможным. Операцию Лили в Дрездене делал Курт Варнекрос (1882-1949), а первая операция была сделана в Берлине под руководством самого Хиршфельда.

Когда на одну из ролей в фильме и должность продюсера выбрали Николь Кидман, считалось, что роль Герды Вегенер достанется кому-то ещё, а сама она сыграет Эйнара Вегенера. Первой кандидатурой на роль Герды стала Шарлиз Терон, но в 2008 году она от участия в проекте отказалась. Авторы фильма обратились к Гвинет Пэлтроу, но та отказалась, так как хотела проводить больше времени с семьёй. Одно время ходили слухи, что роль достанется Уме Турман. В 2010 году на роль Герды предполагалась Марион Котийяр. Им с Кидман хотелось снова сыграть вместе после того, как они снялись в мюзикле Роба Маршалла «Девять» (2009), а их проект «Соперницы» был положен под сукно. Год спустя на роль утвердили Рэйчел Вайс, однако вскоре актриса ушла из проекта. В конце концов роль досталась Алисии Викандер. Это произошло уже в 2014 году, когда режиссёром будущего фильма стал Том Хупер.

За роль в фильме «Девушка из Дании» (2015) Алисия Викандер была номинирована на премию «Оскар» в категории «лучшая женская роль второго плана». Многие восприняли это с удивлением и негодованием, так как Герда в исполнении Алисии Викандер имеет в фильме больше экранного времени и реплик, чем Эйнар/Лили в исполнении Эдди Редмэйна. Герда Вегенер присутствует на экране 73 минуты 27 секунд, т.е. на протяжении 61,7% длительности фильма. Тем не менее, на премию «Оскар» в номинации «лучшая мужская роль» был номинирован Эдди Редмэйн. Дистрибутор фильма компания «Focus Features» выступила с заявлением, что Викандер была выдвинута именно в этой номинации, так как было решено, что в ней у актрисы будет больше шансов получить золотую статуэтку. Сама Викандер от комментариев отказалась.

В самом начале съёмок фильма «Девушка из Дании» (2015) Эдди Редмэйн получил «Оскар» за работу в мелодраме Джеймса Марша «Вселенная Стивена Хокинга» (2014). На посещение церемонии вручения награды Редмэйну дали неделю. Актёр получил статуэтку и снова приступил к съёмкам.

Вначале в роли Эйнара Вегенера/Лили Эльбе планировалось снять Николь Кидман. Она же должна была стать продюсером. Кидман много лет мечтала сыграть в этом фильме, в какой-то период времени, когда возникли трудности с поиском режиссёра и спонсоров, она даже подумывала о том, чтобы самой стать режиссёром. Кидман всегда была горячей поклонницей этого проекта, но в 2014 режиссёром стал Том Хупер, который решил снимать не Кидман, а Эдди Редмэйна. Впервые Том Хупер прочёл сценарий в 2008 году, когда это был ещё проект Николь Кидман. В 2012 году он показал сценарий Эдди Редмэйну, покуда они вместе работали над драматическим мюзиклом «Отверженные» (2012), и взял актёра на главную роль в будущем фильме. О том, что к проекту присоединились Хупер и Редмэйн, было официально объявлено в апреле 2014 года, хотя на самом деле это произошло ещё в 2012 году.

Поменяв пол, Лили взяла себе имя Лили Ильзе Эльвенес. Имя «Лили Эльбе» выдумала журналистка из Копенгагена Луиз (Лулу) Лассен. Впервые это имя было использовано в датской жёлтой прессе во время рекламной кампании, предшествовавшей выходу в свет книги «От мужчины к женщине», которая и положила начало множеству мифов и откровенных выдумок об истории Эльвенес.

Автору книги и творческому коллективу фильма было нелегко установить множество деталей из жизни Эйнара Вегенера. Архивов в Дании не сохранилось. Архивы Института сексуальных наук погибли в годы Второй мировой войны. Пришлось довольствоваться короткими газетными заметками, воспоминаниями друзей Вегенера, а также жизнеописаниями других людей, подвергшихся аналогичной операции в тот период времени.

В жизни Маттиас Шонартс увлекается рисованием граффити. В фильме «Девушка из Дании» (2015) он играет торговца произведениями искусства, который представляет портреты Лили кисти Герды.

Съёмки 186 эпизодов фильма заняли 44 дня. Они проходили на территории Англии, Дании, Бельгии, Германии, Франции и Норвегии. Съёмки не прерывались даже по воскресеньям и закончились в 2015 году на Пасху.

Актёр Эдди Редмэйн и режиссёр Том Хупер вместе работали в телевизионном мини-сериале «Елизавета I» (2005) и картине «Отверженные» (2012).

Начало съёмок было запланировано на конец 2014 года, но было перенесено на февраль 2015 года из-за графика Алисии Викандер. Премьера фильма «Девушка из Дании» состоялась на международном кинофестивале в Венеции в сентябре, так что на всё про всё у авторов фильма было всего 7 месяцев.

Действие фильма разворачивается в Дании, в нём играют персонажи датского происхождения, но в актёрском составе фильма нет ни одного выходца из этой страны. Ни единого слова в фильме «Девушка из Дании» (2015) не произнесено по-датски. Действующие лица говорят по-английски с британским акцентом во всех странах, где происходят события фильма (Дания, Франция и Германия).

Второй в карьере Алисии Викандер фильм о прошлом, действие которого (частично) разворачивается в Дании. Первым в 2012 году был «Королевский роман» Николая Арселя.

Одно время фильм «Девушка из Дании» (2015) намеревался снимать Томас Альфредсон, но он ушёл из проекта. Ещё до Альфредсона роль режиссёра предназначалась Лассе Халльстрёму, Нилу ЛаБуту и Ананду Такеру.

В интервью газете «The New York Times» 9 февраля 2016 года Алисия Викандер призналась, что авторам фильма буквально не давала покоя её не-скандинавская внешность. По словам актрисы, гримёрам было велено сделать так, чтобы её кожа выглядела светлее, чем она есть. «Мне все говорили, что я слишком загорелая, но это был мой естественный цвет кожи». Герда Вегенер была светловолосой голубоглазой датчанкой со светлой кожей, тогда как Викандер — натуральная брюнетка с карими глазами и обычной кожей. Перед съёмками актрисе осветляли кожу, а в кадре она носила парик.

Лили осматривали двое врачей, и оба признали её гомосексуалисткой. Третий после осмотра объявил, что она интерсексуальна (интерсекс — человек, рожденный с половыми признаками, которые не соответствуют типичному определению мужского или женского тела), и что у неё присутствуют рудиментарные женские половые органы. Гормональные пробы, взятые перед первой операцией, показали, что уровень женских гормонов в её организме превышает уровень мужских. Можно предположить, что она страдала синдромом Клайнфельтера с сочетанием хромосом XXY. Клиническая картина синдрома была впервые описана в работах Клайнфельтера и Фуллера Олбрайта только в 1942 году. Факт интерсексуальности Лили в фильме не упоминается.

Если бы в роли Герды снялась Марион Котийяр, как это предполагалось в 2010 году, это стало бы её третьей совместной работой с Маттиасом Шонартсом. В 2012 году Котийяр и Шонартс уже снялись в драме Жака Одиара «Ржавчина и кость».

Маттиас Шонартс играет в фильме «Девушка из Дании» (2015) роль друга детства Эйнара Вегенера. В 2014 году у актёра был шанс исполнить роль трансгендера в мелодраме Франсуа Озона «Новая подружка». Шонартс был вынужден отказаться от участия в этом проекте из-за съёмок в фильме Томаса Винтерберга «Вдали от обезумевшей толпы» (2015) по одноимённому роману Томаса Харди (1874).

Маттиас Шонартс и Себастьян Кох уже снимались вместе в фильме Пола Верховена «Чёрная книга» (2006).

Лондонская премьера фильма состоялась 8 декабря 2015 года, в день рождения Маттиаса Шонартса. Сам актёр на премьере присутствовал.

Эдди Редмэйн сыграл любовника главной героини в исполнении Мишель Уильямс в драме Саймона Кертиса «7 дней и ночей с Мэрилин» (2011). Во «Французской сюите» Сола Дибба (2015) Шонартс и Уильямс тоже играли любовников.

Первый из двух фильмов с участием Маттиаса Шонартса, который шёл в конкурсе Венецианского кинофестиваля в 2015 году. Другим фильмом стал эротический триллер Луки Гуаданьино «Большой всплеск», который вышел на экраны на день позже премьеры «Девушки из Дании».

Эпизоды в лейпцигской больнице снимались в здании муниципалитета Копенгагена.

Съёмки фильма начались в феврале 2015 года и проходили в Лондоне, Брюсселе и Копенгагене.

Прежде чем приступить к съёмкам, Эдди Редмэйн провёл два года, изучая трансгендерное сообщество.

Для роли Эдди Редмэйн похудел на семь килограммов.

Официальный брак Эйнара и Герды длился 26 лет (1904-1930). В брак они вступили в возрасте соответственно 22 и 18 лет. В 47 лет Лили легла на операцию по коррекции пола, а год спустя скончалась из-за отторжения органа после пересадки матки. Эдди Редмэйн снимался в фильме «Девушка из Дании» (2015) в возрасте 33 лет, Алисия Викандер — в возрасте 26 лет. В одном из эпизодов фильма есть упоминание на то, что Эйнар и Герда прожили в браке 6 лет. В период, описываемый в фильме, Герде было 44 года. Она скончалась от сердечного приступа в возрасте 54 лет.

В жизни Лили и Герды не присутствовали персонажи Ханса и Хенрика. Как и многое другое, о чём рассказано в фильме, они являются плодом воображения авторов. Другом Лили в момент её смерти был Клод Лежен, французский торговец произведениями искусства, за которого она хотела выйти замуж и от которого мечтала родить. Сохранился снимок Лили и Лежена, датированный 1929 годом, когда Лили и Герда ещё пребывали в браке. В событиях, о которых говорится в счастливом финале картины, Герда участия не принимала. К тому времени она вышла за офицера итальянской армии Фернандо Порта (род. 1896) и жила с ним в Италии. Только спустя 10 лет в Марокко она узнала о смерти Лили и произнесла: «Лили, бедняжка моя». Порта спустил все сбережения Герды. Прожив с ним несколько лет в Марракеше и Касабланке, она развелась с Порта в 1936 году и замуж больше не выходила. Детей у неё не было. Герда вернулась в Данию, стала прикладываться к бутылке и в 1940 году умерла в полной нищете.

Настоящие трансгендеры появляются в фильме только в эпизодических ролях. Ребекка Рут сыграла одну из медсестёр, ухаживающих за Лили. Джейк Граф появляется на несколько мгновений рядом с Маттиасом Шонартсом в галерее, где выставлены портреты Герды. 5 января 2016 года Граф написал в «Инстаграме», что остальные эпизоды, в которых он сыграл на пару с Шонартсом, были вырезаны.

В романе и в первом варианте сценария персонаж, сыгранный Эмбер Хёрд, был оперной певицей по имени Анна Фонсмарк. В фильме, однако, выведена балерина Ула Полсон. В основе этого образа лежат истории датской актрисы Анны Ларссен Бьёрнер и датской же балерины Уллы Поулсен, которые дружили с четой Вегенеров.

Лили и Герда перебрались в Париж в 1912 году, когда одной было 30, а другой 26 лет. Действие фильма начинается в 1926 году, когда им было соответственно 44 года и 40 лет. В первые два десятилетия 20 века Париж был на удивление либеральным городом. Именно поэтому Герда и Лили там обосновались и не скрывали, что являются лесбиянками. Сцена в Париже, в которой двое мужчин избивают Эйнара, была придумана авторами фильма, но в действительности её не было.

Маттиас Шонартс и Алисия Викандер должны были играть в мелодраме Джастина Чадвика «Тюльпанная лихорадка» (2016), однако Шонартс не смог принять участия в этом проекте. В этом фильме Шонартс и Викандер тоже должны были играть любовников.

Когда Герда и Лили входят в подъезд своего дома в Париже, за ними видна церковь. Это Церковь Фредерика, или Мраморная церковь, одна из достопримечательностей Копенгагена, где снимался этот эпизод.

Последняя сцена фильма, в которой Ханс и Герда смотрят на море, снималась в пасхальное воскресенье 2015 года возле горы Маннен в Норвегии. По сценарию это пролив Каттегат между Ютландией и Скандинавским полуостровом. На съёмках присутствовал только Маттиас Шонартс. Алисия Викандер всю последнюю неделю съёмок «Девушки из Дании» провела в Нью-Йорке, рекламируя другой фильм. Судя по всему, в этой сцене сняли дублёра.

В одном из эпизодов Ханс с улыбкой на лице вспоминает поцелуй, которым они с Лили обменялись в детстве. Эту мизансцену придумали Том Хупер и Маттиас Шонартс. Как актёр вспоминал впоследствии, «это воспоминание можно было сыграть разными способами, но мы решили, что у героя всё должно быть написано на лице. Пусть он испытывает тихую светлую грусть по ушедшему».

В романе и в сценарии 2007 года Ханс с Гердой занимаются любовью и остаются вместе. Том Хупер решил изменить это обстоятельство, и в его фильме Герда остаётся с Лили до смерти последней, а отношения с Хансом у неё чисто платонические. Режиссёр не стал акцентировать внимание на Хансе, чтобы исключить даже саму возможность чувства, которое сделало бы Ханса соперником Лили. Ему хотелось оставить ощущение двусмысленности и недоговорённости, даже если в конце концов всё же окажется, что между Гердой и Хансом был роман, а не просто дружеские отношения.

В фильме опущен важный момент, связанный со смертью Лили. В надежде когда-нибудь выносить и родить ребёнка, Лили в сентябре 1931 года подверглась серии операций, целью которых было вживление матки. Эльбе умерла из-за отторжения организмом пересаженной матки (это была её 5-я операция, и одна из первых операций такого рода в мире) 13 сентября в возрасте 48 лет. В фильме, однако, она умирает после второй операции коррекции пола. Более того, в фильме нет ни единого упоминания того факта, что Лили делали операцию по вживлению матки.