Пингвины, так сильно полюбившиеся многим зрителям, попали в проект совершенно случайно. Дело в том, что второй режиссер мультфильма Эрик Дарнелл придумал их гораздо раньше — при создании так и не вышедшего мультфильма «Rockumentary», повествующего о судьбе рок-коллектива, созданного из пингвинов. Включившись в работу над «Мадагаскаром», Эрик пропихнул свою идею в сюжетную линию мультфильма. Таким образом, пингвины переквалифицировались из рок-музыкантов в ретивых коммандос.

На получение роли Глории претендовали Мадонна, Дженнифер Лопез и Гвен Стефани. В конечном итоге роль досталась Джаде Пинкетт Смит.

В ходе выбора композитора проекта произошла рокировка: вместо Гарри Грегсона-Уильямса в проект пришел Ханс Циммер. Любопытно, что в ходе работы над фильмом «Царство небесное» (2005) произошла обратная замена: вместо Ханса композитором стал Гарри.

Одно из рабочих названий мультфильма — «Дикая жизнь».

Первоначальный вариант сценария описывал судьбу гуманистов, освобождающих животных из клеток.

Режиссер Том МакГрат озвучил одного из пингвинов по кличке «Шкипер». При создании данного образа Том взял за основу голос его старого приятеля-композитора Шона Паттерсона.

В ходе сцены, проходящей на территории Таймс-Сквер, в которой зебра Марти адресует свой вопрос полицейской лошади, на экране проскакивает логотип компании Hewlett-Packard. HP является официальным поставщиком компьютерной техники для анимационного подразделения студии DreamWorks.

В эпизоде, где Алекс строит статую Свободы на Мадагаскаре, на ней находится волейбольный мяч Wilson, точно такой же, как в кинофильме «Изгой» (2000).

На самом Мадагаскаре мультфильм был долгое время запрещен из-за сходства «самопровозглашенного короля Лемуров» Джулиана с целым рядом государственных деятелей, пришедших к власти на острове в результате переворотов.

Сцена, изображающая мечты Алекса о мясе, — это отсылка к фильму «Красота по-американски» (1999), в котором главному герою снятся парящие лепестки роз.

Эпизод с разрушением Статуи Свободы на Мадагаскаре является отсылкой к фильму «Планета обезьян» (2001). Статуя также наполовину торчит над землей.

Жилищем лемурам служит самолет Локхид Электра. Именно на самолете такой модели Амелия Эрхарт пыталась совершить кругосветный полет и пропала без вести в центральной части Тихого океана.

В оригинальной версии, когда на Мадагаскаре Алекс и Марти бегут друг на друга для радостных объятий, но потом Алекс впадает в гнев, вспомнив, что они все попали на остров из-за Марти, Марти убегая говорит «Oh, Sugar Honey Ice Tea», казалось бы, ничего особенного, на самом деле, тут есть скрытое ругательство, если сложить первые буквы начиная со слова «Sugar», то получится слово «Shit». В русской же версии Марти здесь говорит «ЁКЛМН».

Когда Алекс, Марти, Глория и Мелман сидят в ящиках, в которых их перевозят, в ящики попадает свет через верхние отверстия. Ошибка в том, что в ящик Глории свет также попадает через верхние отверстия, хотя это невозможно, т.к. над ней находятся ящики Алекса и Марти.