Телефон Малдера в сериале — 555-0199. Этот номер принадлежит также семейству Берманов в фильме «Красота по-американски» (1999). И тот же самый телефон Аль Пачино оставляет на автоответчике Рассела Кроу в фильме «Свой человек» (1999).

Малдер пользуется пистолетом Glock (в первом сезоне), а также Вальтером в ножной кобуре. Скалли использует только Walther PPK/S.

Сериал упоминается в книге Стивена Кинга «Девочка, которая любила Тома Гордона».

Николаса Ли, который играл, начиная со второго сезона, Алекса Крайчека, можно заметить также в эпизоде 1x13 «Транссексуал» («Gender Bender»), где он появляется в роли одной из жертв; Скалли и Малдер допрашивают его в больнице примерно на 35 минуте.

В первом эпизодe (Pilot) человек, сидящий за Скалли в самолете, это отец Дэвида Духовны.

Фокс Малдер и Дана Скалли на протяжении всего сериала используют арендованные автомобили. При этом фирма, которая предоставляет авто, всегда одна и носит название Lariat (об этом говорят наклейки на бамперах машин агентов).

Второй эпизод девятого сезона (Nothing Important Happened Today II) посвящен Чаду Келлеру (Chad Keller), о чем сообщается перед финальными титрами серии. Чад Келлер был ученым, занятым в аэрокосмической промышленности и являлся близким другом Криса Картера и его супруги. Он погиб во время атаки террористов в Нью-Йорке в сентябре 2001 года.

Судно «Пайпер Мару» с засекреченным маршрутом также фигурирует в фильме «Чужой против хищника» (2004).

В январе 2018 года, сразу после старта на ТВ 11 сезона сериала, Джиллиан Андерсон объявила о том, что оставляет роль агента Скалли. Изначально актриса планировала покинуть «Секретные материалы» еще в 2016 году, после 10 сезона, но впоследствии решила вернуться к проекту, так как Джиллиан показалось, что шесть серий — это недостаточно для правильного прощания.

В серии 1x12 «За морем» («Beyond the Sea») на 8.10 минуте видна на вешалке кепка, эту кепку Фокс Малдер взял после того, как был похищен Макс Фениг из серии 1x9 «Падший ангел» («Fallen Angel») на 38 минуте.

Похищение Скалли инопланетянами во втором сезоне не было изначально запланировано по сценарию: это был вынужденный шаг, так как Джиллиан Андерсон забеременела в самый разгар съемок первого сезона. Уже через 10 дней после родов её вернули к съёмкам, играя в которых измождённую Скалли ей даже не приходилось притворяться. Также режиссёру пришлось отстоять место Андерсон в сериале — руководство студии Fox хотело выгнать Джиллиан за нарушение контракта.

Похищение Малдера инопланетянами в конце седьмого сезона не планировалось. В 1999 году, перед стартом седьмого сезона на ТВ, Дэвид Духовны подал иск против 20th Century Fox. Актер утверждал, что по контракту студия должна была выплачивать ему 5 % от доходов сериала, но он получал гораздо меньше, даже несмотря на кассовый успех полнометражного фильма «Секретные материалы: Борьба за будущее» (1998). Иск был удовлетворен и Духовны получил около 20 млн. долларов, но отношения с Крисом Картером были испорчены. В конце концов, в мае 2000 года агент Малдер покинул сериал, как главный герой. В восьмом сезоне герой Духовны полноценно появился лишь в семи последних сериях, а в заключительном сезоне — в финальных двух сериях. Отчасти, все произошедшее можно объяснить и тем, что Дэвид Духовны был занят созданием сценариев и режиссурой некоторых эпизодов седьмого и девятого сезонов.

10 серия 6 сезона рассказывает об Альфреде Феллиге, который фотографировал места преступлений раньше приезда полиции. Это отсылка к реальному фотографу Артуру Феллигу (Arthur Fellig), известному как Уиджи, который также зачастую оказывался на месте преступления раньше полицейских.

В серии 1x13 «Транссексуал» («Gender Bender») на 5 минуте, когда Малдер осматривает труп, видно, как этот «труп» моргает.

Во второй серии второго сезона, на руке первой жертвы есть татуировка: надпись «ДМИТРИЙ» кириллицей. Но вместо русской буквы М — английская W. Позже на фотографии, которую Скалли показывает Малдеру, ошибка исправлена. При этом надпись на руке и на фотографии отличается тем, что на руке все буквы закрашены, тогда как на фото первая буква И закрашена лишь частично.