Сценарий фильма основан на автобиографической книге Жан-Доминика Боби.

Чтобы снять этот фильм, Джулиан Шнабель выучил французский язык.

Вначале сценарий был написан на английском, а на роль Жана-Доминика Боби планировался Джонни Депп, однако он покинул проект из-за съёмок в приключенческом фильме Гора Вербински «Пираты Карибского моря: На краю света» (2007). Какое-то время авторы фильма носились с идей предложить главную роль Гари Олдману, но затем Джулиану Шнабелю удалось убедить боссов парижской студии «Pathe» изменить язык фильма с английского на французский и не отступать от автобиографической книги Боби.

В 2006 году сценарий к фильму попал в «чёрный список» лучших сценариев, фильмы по которым так и не были сняты.

Продюсер Стивен Шнайдер включил картину «Скафандр и бабочка» в список «100 фильмов, которые надо обязательно посмотреть».

Чтобы «влезть в шкуру» главного героя, режиссёр Джулиан Шнабель снимал фильм «Скафандр и бабочка» в той же больнице, где лежал Боби. Он побеседовал с санитарами, ухаживавшими за пациентом, и некоторые сцены фильма снимал на балконе, куда выносили Боби, и на пляже, куда близкие его вывозили.

Почти 40 минут с начала фильма повествование идёт от лица и с точки зрения главного героя.

В действительности Жан-Доминик Боби был отцом двоих, а не троих детей. Авторы фильма никак не могли выбрать двоих из трёх оставшихся после отбора претендентов и, в конечном счёте, взяли всех троих.

В фильме в больницу к Боби приходит его друг по имени Руссен (в книге его зовут Жан-Поль К). Боби испытывает по отношению к нему чувство вины, так как однажды отдал Жану-Полю свой билет на самолёт, в результате чего тот оказался в заложниках в Бейруте (Ливан). Этот человек в действительности провёл какое-то время в заложниках в Бейруте, однако не потому, что Боби отдал ему свой билет. В книге Боби извиняется за то, что ни разу не связался с другом после его освобождения из плена. Более того, в книге не сказано, что они когда-либо пересекались после инсульта, который перенёс Боби.

По окончании работы над фильмом стало точно известно, что возле Боби после инсульта непрерывно находилась его подруга, а не мать его детей. Невозможно сказать, почему авторы фильма решили поменять этих женщин местами. Так или иначе, с написанием книги Боби помогала именно подруга, и именно у неё на руках он умер, в то время как мать его детей находилась в США в компании с приятелем.

Главный герой смотрит футбольный матч, который состоялся 24 мая 1997 года, когда его уже не было в живых. Это известная игра Лион — Марсель (8:0), последний тур чемпионата Франции 1996/97. На видео первая минута матча: в тот момент, когда медбрат выключает телевизор, хозяева забивают первый гол.