Фильм снят по мотивам комиксов Алана Мура «Лига выдающихся джентельменов» (The League of Extraordinary Gentlemen, 1999-...).

Роль Мины Харкер поначалу собирались отдать Монике Белуччи, но ее привлечь так и не удалось. Потом на эту роль собирались пригласить Милу Йовович или Сафрон Барроуз.

В картину создатели не включили еще одного персонажа – Кэмпиона Бонда, предшественника Джеймса Бонда, агента 007. Это было связано с авторскими правами, так как выпустившая фильм компания «20th Century Fox» не имеет прав на этого героя, они принадлежат «MGM», и потому сценаристы ввели в сюжет подросшего Тома Сойера, герой Марка Твена, которого не было в комиксах, и который стал единственным американским литературным героем для картины. Также у фильма поменялся злодей – вместо доктора Фу Манчу нам предлагают Фантома.

Съемки картины проходили в течение 13 недель на территории Исландии, Марокко, Канады (Калгари), Чешской Республике (Прага), Австрии (Вена), США и на Мальте. Начало съемок – 28 июня 2002 года. Съемки в Праге пришлось прервать, поскольку в то время (август 2002 года) там случилось грандиозное наводнение, которое уничтожило декорации стоимостью около 7 миллионов долларов.

Актер Насируддин Шах лично выполнил большинство трюков капитана Немо, а также специально для роли взял несколько уроков каратэ.

В комиксах Мина Харкер была не вампиром, а только укушенной. Свой шрам на шее она скрывала под шарфом.

Бумажная «Лига» условно подразделяется на две части. В первых шести выпусках протагонисты воюют с Мориарти и доктором Фу-Манчжу. Фильм снимали, основываясь больше на нее. Во вторых шести выпусках те же самые протагонисты спасают Землю от марсианского нашествия. Здесь источником вдохновения послужил роман Герберта Уэлса «Война миров». Попутно участники «Лиги» знакомятся с доктором Моро и его питомцами.

В графическом романе есть и отсылки к Бондиане — возглавляет оперативные задания Лиги Кэмпион Бонд, по задумкам Алана Мура — предок Джеймса Бонда. Бонд в свою очередь подчиняется Майкрофту Холмсу. Присутствует в первоисточнике также и сам Шерлок Холмс.

Также в комиксе есть несколько абсолютно нецензурных сексуальных сцен между Миной и Алланом Квотермейном (в комиксе они становятся любовниками).

Фильм и комикс, по которому был поставлен фильм, сильно отличаются друг от друга. Графическая новелла более жесткая и мрачная, в ней присутствует много насилия. В фильме появляется Том Сойер и Дориан Грей, в комиксах их нет.

В комиксе Алана Мура Квотермейн состарился, удалился от общества и стал опиумным наркоманом. В начале истории он был спасен Миной Харкер (в комиксе Мина Мюррей) из опиумного притона и завербован в члены «Лиги». В кино-адаптации, по слухам, Шон Коннери отказался играть наркомана, и сценаристы изменили его историю. Квотермена находят в Африке в местном английском клубе.

Когда Квотермейн входит в библиотеку, где его встречает «М», на дверях можно увидеть масонские символы — циркуль и угольник. Те же символы мы видим и на кольце Фантома.

Когда Аллан Квотермейн обучает Тома Сойера стрельбе из своего ружья, можно заметить, что рука и плечо Шэйна Уэста дрожат от напряжения. Ружье было очень тяжелым. Существовал облегченный макет ружья, который использовался для общих планов, и настоящее ружье из железа и дерева, которое весило около 20-и килограммов. Шэйн Уэст рассказывает, что он был очень удивлен тому, что Шон Коннери, которому уже стукнуло 72 года, казалось, не имел никаких проблем, стреляя из этого ружья. А молодому двадцатилетнему актеру оно казалось невероятно тяжелым и чтобы его держать, Уэсту приходилось сильно напрягать руки.

Оружие людей капитана Немо — загримированные английские Стэны — Sten (Великобритания). Это оружие использовали не только французские и польские партизаны против фашистов, но и индусы против англичан (а Немо, как известно, и боролся против Британии).

Сценариста фильма Джеймса Робинсона, можно увидеть на фотографии в досье, которое просматривает Квотермейн. Он изображает Джонатана Харкера, мужа Мины (который давно умер).

Режиссер фильма Стивен Норрингтон появляется в эпизоде, «камео», в начале фильма — он играет бармена в африканском клубе и бросает ружье Квотермейну во время нападения.

В сцене, где Квотермейн с Сойером гоняются по Парижу за монстром Хайдом, они упоминают его, как большую обезьяну, уже много месяцев терроризирующую улицу Морг. Как вы догадываетесь, это поклон Эдгару Аллану По, написавшему роман, считающийся первым детективом.

Плакат «Вулканические извержения на марсе» (Volcanic eruptions on Mars), мелькающий в фильме, отсылка к комиксу «Лига выдающихся джентльменов» часть 2, в котором Алан Мур глумится над «Войной миров» Герберта Уэлса.

Журнал, лежащий на столе Куотермейна на борту «Наутилуса», называется «The Strand» (дословно «берег»). Артур Конан Дойл впервые опубликовал свои истории о Шерлоке Холмсе в журнале «The Strand».

«Ледяное море Монголии», упоминающееся в фильме, является озером Байкал в районе русского города Иркутск, который тогда уже существовал. В Монголии, как известно, нет морей, и река Амур в Байкал не впадает.

Если приглядеться к автоматам солдат Мориарти, то можно различить части приклада, рукоять и рожка автомата Калашникова, а так же пистолета — пулемёта Томпсона, который поместили в прямоугольную коробку.

«Наутилус», именуемый Немо «меч океана», действительно выглядит в вертикальной проекции как огромный ятаган без эфеса; в горизонтальной же проекции подлодка больше похожа на моллюска вида архитеутис, родственного наутилусу.

В фильме Мориарти говорит, что предшествующей Лиги никогда не существовало, но в комиксе Мина в музее обращает внимание на фотографию предыдущей Лиги в которую входили Лэмюэль Гулливер, Перси и Маргарита Блейкни (роман «Алый первоцвет»), доктор Син (новелла Рассела Торндайка), Фанни Хилл (роман Джона Клеланда) и Натаниэль Бампо.

Когда Лига находится в Париже, то камера проходит по стене, на которой висит афиша, возвещающая о будущем карнавале. На плакате есть два имени — доктор Алан Мур и доктор Кевин О'Нейл. Это люди, которые придумали, написали и нарисовали комиксы «Лига выдающихся джентльменов». Эта афиша фактически дублирует обложку первого издания комикса.

Первый «М», как и в фильме, оказывается злодеем и по совместительству — профессором Мориарти. В романе-комиксе очень много отсылок ко многим классическим произведениям приключенческой литературы конца 19 столетия и их главным героям.

В картине Человек-невидимка был назван другим именем, его зовут не Гриффин, как в романе Герберта Уэлса, а Скиннер. Потомки Герберта Уэлса отказались продать права на «Человека-невидимку». Поэтому Невидимку зовут Скиннером, а не Гриффином. И также в фильме его сделали относительно положительным героем. В комиксе Алана Мура ему нравилось ради удовольствия убивать полицейских и надевать их мундиры, а еще насиловать по ночам школьниц в пансионах... Также в графическом романе есть сцена гомосексуального изнасилования мистером Хайдом Человека-невидимки, такое своеобразное наказание за предательство — в комиксе предателем оказывается именно он.