К Джудит Хоаг не обращались с предложением сыграть Эйприл в сиквелах этого фильма из-за того, что на съёмках она постоянно жаловалась на шестидневную рабочую неделю и обилие в фильме сцен насилия.

Чтобы скрыть, какими на самом деле громоздкими были костюмы черепашек, сцены диалогов снимали на скорости 23 кадра в секунду, так что когда их затем проигрывали на обычной скорости 24 кадра в секунду, они смотрелись более отчётливо. По этой же причине сцены боёв снимали на скорости 22 или 23 кадра в секунду.

В сценарии было прописано, что мальчик от побоев умер, но поступили возражения от комиссии по рейтингам, и в последний момент в сцену были добавлены звуки дыхания и слова о том, что мальчик поправится. Во французской версии фильма мальчик всё-таки умирает.

Поначалу режиссёр Стив Бэррон хотел сделать комбинезон Эйприл похожим на те, которые можно увидеть в ранних комиксах и в мультсериале «Черепашки мутанты ниндзя» (1987-1996). Предполагалось, что её внешний вид будет более напоминать образ Эйприл в мультсериале (жёлтый комбинезон и большая шапка рыжих волос, в противовес зелёному комбинезону и каштановым волосам). Исполнительница роли Эйприл актриса Джудит Хоаг идею такого комбинезона раскритиковала, и от неё отказались. В начале фильма Эйприл показана в плаще жёлтого цвета (это отсылка к жёлтому комбинезону из мультсериала).

По словам Кори Фельдмана, за озвучивание ему предложили всего $1 500. Фельдман предложение принял, доверившись продюсеру, который ему сообщил, что речь идёт о низкобюджетном независимом фильме, который, добьётся хотя бы относительного успеха после выхода на видеокассетах. Фильм сделал в кинотеатрах огромную кассу.

Куклой Сплинтером управляли три человека. Движениями управлял в целом Кевин Клэш, тогда как выражениями лица дистанционно управлял второй кукловод, а движениями рук – третий.

Черепашки как таковые были созданы мастерской Джима Хенсона в Лондоне. Сначала их сделали из стеклопластика, затем они были слеплены из глины, после чего сделаны из латекса. Весь процесс занял 18 недель.

После того как были сделаны эскизы, на территории студии были созданы некоторые декорации. Возникли некоторые проблемы с люками, которые вели в обитель черепашек-ниндзя, так как комнату пришлось сооружать прямо под декорациями, а снизу начала поступать вода.

Некоторые сцены сняли в Нью-Йорке среди «визитных карточек» города – как, например, Таймс-сквер, небоскрёб Эмпайр-стейт-билдинг и река Гудзон, но значительная часть съёмок прошла на студии в Северной Каролине, где были созданы декорации крыш Нью-Йорка. Художники картины Рэй Форж Смит (1929-2017) и Гари Уисснер (1964-2001) перед началом съёмок провели четыре месяца в Нью-Йорке, фотографируя крыши и другие локации. Кроме того, им было позволено спуститься на заброшенную ветку подземки в Бруклине, т.к. в городскую канализацию спускаться им не разрешили. Кроме того, они посетили гидротехнический туннель, из которого выходили огромного диаметра трубы.

В конце фильма персонаж Сэма Рокуэлла говорит полиции, что они найдут улики в здании на острове Лэрдман. Это отсылка к создателям Черепашек — Кевину Истмэну и Питеру Лэрду.