Прототип главного героя фильма — Ягю Дзюбэй Мицуёси, историческая личность, знаменитый мастер кэндзюцу (искусство владения мечом) и ниндзюцу (искусство ниндзя), создатель секретной службы О-мэцукэ и личный учитель фехтования сёгуна Токугавы Иэмицу.

Английский перевод названия "Ninja Scroll" (как и его русский вариант — "Манускрипт ниндзя") ошибочен. Иероглиф "chou" в данном случае значит не "свиток, манускрипт", а "рассказ, история, повесть". Буквальный перевод названия — «Дзюбэй — повесть о ниндзя, который повелевал ветром» (указание на умение Дзюбэя создавать резким взмахом меча узкую струю воздуха, рассекавшую тела его противников).

Ягю Дзюбэй — герой множества легенд и целого ряда фильмов и сериалов. Обычно он изображается несколько старше, чем главный герой «Манускрипта ниндзя», и с повязкой на глазу. Однако режиссёра фильма — Ёсиаки Кавадзири — интересовал не столько исторический Дзюбэй, сколько обобщенный образ молодого воина «без прошлого и будущего». Поэтому он намеренно пренебрег и портретным сходством, и практически всеми известными легендами о Дзюбэе.