Роль Мартина была изначально написана именно для Эрика Столца, но тот дал согласие на участие в съемках только после того, как сценарий претерпел серьезные изменения.

Съемки фильма проходили в канадской провинции Британская Колумбия – в городах Барнаби и Ванкувер, а также в Лос-Анджелесе.

В разные возрастные периоды Мартина Брандла сыграли пять артистов: Стерлинг Коттингхэм – новорожденный, Родни Клоф мл. – полтора года, Мэттью Мур – четыре года, Харли Кросс – десять лет, — Эрик Столц.

Сцена, когда Мартин просматривает видеозапись интервью своего отца, является вырезанной сценой из первого фильма. Этот сюжет был слегка отредактирован – голос Вероники, которую в первом фильме играла Джина Дэвис был дублирован Сэффрон Хендерсон, которая играет Веронику в начале этого фильма.

Режиссёром фильма был Крис Уолас, который занимался гримировкой Джеффа Голдблюма в первом фильме.

Джон Гец был единственным актёром из первого фильма, согласившимся сняться в сиквеле.

В сцене, когда юный Мартин пробирается мимо спящего охранника, рядом с последним можно заметить книгу «Облик ярости» (англ. The Shape of Rage), в которой обсуждаются фильмы Дэвида Кроненберга — режиссера первой части фильма. Сам Кроненберг изображён на обложке.

Главный герой назван в честь британского гонщика Мартина Брандла.

Мартин узнаёт правду о своей болезни, посмотрев видеозапись с отцом, начавшим превращаться в муху. Однако данный эпизод по сюжету первой части не был заснят на плёнку.

В сценарии фильма раскрывается причина, почему Статис Боранс живёт в отдельном загородном доме. Он его получил в качестве взятки за молчание о произошедшем (при этом Барток ему сообщил, что Вероника вместе с ребёнком погибли). Также в раннем варианте сценария диски с правильно работающей программой телеподов были переданы именно ему. Однако позднее эту деталь убрали, поэтому в окончательном варианте фильма остаётся неясным, почему телеподы перестали нормально функционировать.

У фильма существует альтернативная концовка. Мартин после исцеления сидит на берегу реки. Бет подходит к нему и спрашивает о самочувствии. Он отвечает, что ему намного лучше. В конце показывают муху, севшую на салат.