Желудочная кислота Брандлфлая была сделана из меда, яиц и молока.

Первоначально планировалось, что фильм снимет Тим Бёртон. А роль Брандла прочили Майклу Китону.

К работе над фильмом приступал режиссер Роберт Бирман, потому что Дэвида Кроненберга наняли для работы над боевиком «Вспомнить всё» (1990). Но Бирман выбыл из проекта после трагической гибели одного из членов его семьи. Режиссер посчитал, что не сможет работать над таким мрачным фильмом. Поэтому Кроненберг полюбовно расторг контракт с продюсером Дино Де Ларуентисом и взялся за «Муху».

Одним из продюсеров фильма был Мел Брукс. Но он не хотел, чтоб его фамилия мелькала в титрах такого жуткого фильма.

Джеффа Голдблюма в сценах, где он превращался в муху, перед съёмками гримировали в течение пяти часов, а гримеры из «Chris Walas, Inc.» перед началом съемок картины изучили массу иллюстрированных книг по различным болезням.

Первоначальный сценарий написал Чарльз Эдвард Пог, а когда режиссёром наняли Дэвида Кроненберга, он существенно переделал сценарий, изменив характеры героев, их имена и некоторые диалоги. Но основная сюжетная линия осталась неизменной.

В сентябре 2009 года стало известно, что у фильма появится ремейк, и что его снимет Дэвид Кроненберг. Позднее сообщили, что никакого ремейка не будет.

Два телепортационных устройства, используемых Брандлом, в ранних версиях дизайна выглядели как прозрачные футуристические телефонные будки, но Кроненберг счел такой дизайн недостаточно брутальным. Поэтому он показал художнице-постановщице Кэрол Спайер цилиндр двигателя своего винтажного мотоцикла Ducati 450 Desmo с его характерными ребрами охлаждения, и «телеподы» были сделаны как увеличенные копии этого цилиндра. Разве что с дверцами и с мощными лампами, которые имитировали телепортационную вспышку.

Камео: Дэвид Кроненберг играет акушера, который вытаскивает из чрева Джины Дэвис личинку мухи. В камео Дэвид появился после того, как Мартин Скорсезе, зафанатев от ранних фильмов Дэвида, договорился с ним о встрече, и во время оной сказал, что Кроненберг выглядит как пластический хирург с Беверли Хиллз.

Печально известная сцена с обезьяной и кошкой была вырезана после скрининга в Торонто. В этой сцене Брандл тестирует систему из трёх телеподов на обезьяне из прошлого опыта и бездомной кошке. Полученное после телепортации существо нападает на Брандла, тот отшвыривает его в угол и добивает металлической трубой. Брандл находится в промежуточной стадии трансформации, не показанной в других сценах. В продолжении сцены, учёный по стене и потолку выбирается на крышу и наблюдает за ночным городом. Внезапно он ощущает сильную боль чуть ниже своей левой груди, срывается с крыши и падает на небольшой навес, где наблюдает появление дополнительной мушиной клешни из груди. Брандл откусывает новую конечность.

Одна из удаленных сцен — сон с ребёнком-бабочкой. У фильма существовала альтернативная концовка. Беременная Вероника лежит в постели со Статисом. Она просыпается из-за кошмара. Статис её успокаивает, и Вероника вновь засыпает, видя сон с ребёнком-бабочкой, вылупляющимся из кокона. У этой сцены было несколько вариантов.

В начале фильма, когда Вероника решает включить диктофон и записать слова Сета без его разрешения, пленка в диктофоне заканчивается на словах Сета: «Еще не готов». Затем мы видим вставленную в проигрыватель кассету, пленка начинает крутиться с начала, с тем же диалогом, на котором закончилась кассета.